Das Organigramm des LAZBW zeigt die interne Struktur der Landesanstalt.
An der Spitze des LAZBW steht der Direktor. Er ist für die Gesamtleitung der Landesanstalt verantwortlich und wird von einem Stellvertreter unterstützt. Außerdem sind der Direktion zwei Stabsstellen zur Seite gestellt.
Das LAZBW ist in sieben Fachbereiche unterteilt. Diese wiederum sind in Referate gegliedert, die jeweils für bestimmte Aufgabenbereiche zuständig sind. Im Fachbereich 1 werden die Themen Bildung und angewandte Forschung sowie Rinderhaltung bearbeitet. Die Themen Management, Rinderzucht und Haltungssysteme sind im Fachbereich 2 angesiedelt. Mit der Grünlandwirtschaft und dem Futterbau beschäftigt sich der Fachbereich 3. Zum Fachbereich 4 gehören sowohl die Fischereiforschungsstelle, als auch die Wildforschungsstelle des Landes Baden-Württemberg. Im Fachbereich 5 werden alle Bereiche rund um die milchwirtschaftliche Chemie bearbeitet. Die milchwirtschaftliche Hygiene und Mikrobiologie sind Aufgaben des Fachbereichs 6. Die Aus-, Fort- und Weiterbildung in der Milchwirtschaft verantwortet der Fachbereich 7.