Schutz und Entwicklung von Fischarten und Fischgewässern, Fische als Indikatoren in der Gewässerüberwachung oder eine nachhaltige Fischerei erfordern begleitende fischereibiologische Untersuchungen.
Verordnungen, wie die Kormoranverordnung und die EG-Aalverordnung, sowie Richtlinien, wie die Fauna-Flora-Habitat-Richtlinie (92/43/EWG) und die Aquakulturrichtlinie (2006/88/EG), erfordern die Mitarbeit der FFS.